El equipo Scorpion sigue en la isla desierta a la que llegaron tras el accidente, y ahora sus miembros deben superar sus enfrentamientos personales y colaborar para conseguir que alguien los rescate.

El avión en el que viajan los miembros del equipo Scorpion hacia la luna de miel de Toby y Happy sufre un accidente y se estrella en una isla desierta.

Después de apagar un incendio en un túnel justo a tiempo para evitar una catástrofe, el equipo ayuda a Toby y Happy a llegar a tiempo a su boda.

El equipo intenta rescatar a una pareja de científicos que ha quedado atrapada en una cúpula diseñada para sobrevivir en Marte.

El equipo desafía las órdenes dadas por un gobierno extranjero y recupera un asteroide que contiene partículas de ADN con posibles consecuencias catastróficas.

Paige y Happy están reparando una turbina en un parque eólico cuando, de repente, se rompe uno de los cables que sostiene la plataforma sobre la que trabajan. El equipo deberá trabajar contra reloj para rescatarlas.

Para evitar que un virus peligroso se propague, el equipo debe localizar a un mono en peligro de extinción que vive en el Amazonas, pues él tiene los anticuerpos necesarios para la cura. Mientras, Toby y Happy acuden a un asesor matrimonial.

La pequeña Happy, una amiga de Ada, padece una enfermedad inmunológica que la obliga a vivir dentro de una burbuja esterilizada. El equipo deberá trasladarla a un lugar seguro después de que una tormenta haya puesto en peligro su seguridad.

Happy, Silvester y Cabe reciben amenazas de muerte cuando la misión aparentemente sencilla que les han encomendado, la de proteger un banco de semillas, sale mal.

Walter y Sylvester entran en un concurso internacional de ajedrez de forma encubierta en suelo extranjero con el fin de liberar a un espía estadounidense antes de que su identidad sea expuesta.

El trabajo del equipo Scorpion para encontrar tesoros hundidos se tuerce cuando el barco de Walter y Paige explota, dejándolos tirados en medio del Océano Pacífico y rodeados de tiburones.

El equipo intenta salvar a un hombre que ha quedado atrapado en un sumidero que podría destruir las reservas de agua potable que abastecen a Los Ángeles.

El equipo Scorpion es engañado por una organización que pretende destruir la economía de EE.UU introduciendo grandes cantidades de dinero falsificado. Paige deberá confiar en las habilidades como estafadora de su madre para salvarlos.

Durante una misión en el desierto, se produce una explosión de metralla que hiere de gravedad a Cabe. El equipo Scorpion se ve obligado a congelar su cuerpo.

La víspera de Navidad, el equipo Escorpion hace una escapada a la montaña y se encuentra con un grupo armado que se convertirá en su peor pesadilla. Mientras tanto, Tim toma una decisión con respecto a su posición en el equipo.

Walter se sumerge en los peligrosos pozos de alquitrán de La Brea para intentar salvar a una mujer. Mientras tanto, la madre de Ralph mejora las ventas de galletas.

La madre de Paige pide ayuda al equipo Scorpion cuando descubre accidentalmente un reactor nuclear olvidado a punto de explotar.

Cuando el Equipo Scorpion viaja a Irlanda para la ceremonia conmemorativa anual de Megan, Walter descubre que un desastre natural en un lago cercano ha creado una nube venenosa que podría matar a todos en el pueblo.

El Día de las Elecciones, mientras la democracia pende de un hilo, el equipo Scorpion es llamado cuando alguien intenta sumir las elecciones presidenciales de Estados Unidos en el caos.

Antes de Halloween, el equipo Scorpion debe infiltrarse en un profundo y vasto sistema de cuevas para evitar que una población de murciélagos destruya el ecosistema de América del Norte.

Un trabajo sencillo en el museo de Historia Natural de Los Ángeles se complica cuando unos ladrones roban en una exposición de gemas una serie de materiales necesarios para la fabricación de una bomba nuclear.

Walter es lanzado accidentalmente al espacio en un cohete y empieza a alucinar con Paige mientras su oxígeno va bajando. El equipo Scorpion trabaja sin descanso para encontrar una manera de llevarlo de vuelta a casa antes de que se asfixie.

En este episodio doble (episodios 1 y 2 de la temporada 3), la trama sigue al equipo Scorpion enfrentándose a una amenaza global. Un grupo de hackers toma el control de varios aviones militares y buques de guerra de los Estados Unidos, apuntando sus armas hacia ciudades estadounidenses. El peligro aumenta cuando también logran hackear…